Pengekodan dengan petunjuk berubah-ubah

Kaedah untuk mencipta virus yang lebih maju ialah penggunaan penyulitan untuk mengensifer sesuatu virus. Dalam kes ini, virus akan terdiri daripada dua bahagian, iaitu sebuah modul penyahsulitan yang kecil dan sebuah salinan penyulitan kod virus. Jika virus itu disulitkan dengan satu kunci yang tidak sama bagi setiap fail yang terjangkit, bahagian tunggal yang masih dikekalkan di dalam virus ialah modul penyahsulitan yang misalnya, akan dilampirkan pada hujung fail virus itu. Dalam kes sedemikian, pengimbas virus tidak dapat mengesan virus secara langsung melalui tandatangan, tetapi ia masih boleh mengesan modul penyahsulitan yang memungkinkan pengesanan virus secara tidak langsung. Oleh sebab ini merupakan kunci-kunci bersimetri yang disimpan dalam perumah yang terjangkit, virus terakhir sebenarnya masih boleh dinyahsulitkan tetapi perbuatan ini mungkin tidak diperlukan kerana kod mengubah suai diri adalah amat jarang sehingga pengimbas virus hanya diperlukan menandai fail itu sebagai menimbulkan kesangsian.

Salah satu penyulitan yang lama tetapi padat melibatkan penXORan setiap bait dalam virus dengan sesuatu pemalar, dengan a XOR b = c, dan c XOR b = a, supaya eksklusif atau operasi itu hanya perlu diulangi untuk penyahsulitan. Oleh sebab hanya kod yang menimbulkan kesangsian akan mengubah suai diri, kod itu tetap merupakan sebahagian tandatangan dalam banyak takrif virus dan dengan itu, dapat dikesan oleh perisian anti-virus dengan mudah.